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精工致善丨KEGG之代谢通路分析

1.什么是KEGG?


KEGG,Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,京都基因和基因组百科全书,是系统分析基因功能,联系基因组信息和功能信息的知识库。KEGG是一个综合数据库,它们大致分为系统信息、基因组信息、化学信息和健康信息四大类。KEGG PATHWAY是最核心的数据库之一。


2.代谢通路图的解读与查询  


2.1解读代谢通路图

 一般,KEGG中存在两种代谢图:

①reference pathway,根据已有的知识绘制的、概括的、详尽的具有一般参考意义的代谢图,为白色小框,在KEGG中名字以map开头,比如map00061脂肪酸生物合成通路图。

一般代表酶,方框里的代表EC编号,代表化合物,把鼠标放上去,会出现如C00024Acetyl-CoA,C代表compound,00024是这种化合物在KEGG中的编号。

 

 


②species-specific pathway,绿色小框为该物种特有的基因或酶,只有这些绿色的框有更详细的信息。KEGG中名字为特定物种种属英文缩写,比如酵母的糖酵解通路图,sce00010。

 

2.2查询代谢通路


输入想要查找的通路,例如map00061或查询某一化合物的相关通路,例如Hexadecanoic acid棕榈酸的相关通路,点击GO。

 


显示棕榈酸相关的所有代谢通路图,点击通路图编码或右侧图即可查看该通路图详细信息。


由上图可看出棕榈酸下游代谢产物有棕榈酰辅酶a、β-酮硬脂酰辅酶a、左棕榈酰肉碱等。


也可通过KEGG COMPOUND模块查找化合物详细信息,其中包括相关通路。


搜索框中输入化合物名称,例如Hexadecanoic acid棕榈酸,点击GO即可显示搜索结果。


择正确的化合物编码并点击进去,即可显示该化合物的详细信息。

 

3.绘图平台

登入链接:https://www.kegg.jp/

KEGG,Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,京都基因和基因组百科全书,是系统分析基因功能、基因组信息数据库,KEGG也能提供整合的代谢途径查询功能,包括碳水化合物、核苷、氨基酸等的代谢及有机物的生物降解,不仅提供了所有可能的代谢途径,而且对催化各步反应的酶进行了全面的注释,包括氨基酸序列、PDB库的链接等等。



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