精工致善丨KEGG之代谢通路分析

1.什么是KEGG？

KEGG，Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，京都基因和基因组百科全书，是系统分析基因功能，联系基因组信息和功能信息的知识库。KEGG是一个综合数据库，它们大致分为系统信息、基因组信息、化学信息和健康信息四大类。KEGG PATHWAY是最核心的数据库之一。

2.代谢通路图的解读与查询  

2.1解读代谢通路图

 一般，KEGG中存在两种代谢图：

①reference pathway，根据已有的知识绘制的、概括的、详尽的具有一般参考意义的代谢图，为白色小框，在KEGG中名字以map开头，比如map00061脂肪酸生物合成通路图。

一般代表酶，方框里的代表EC编号，代表化合物，把鼠标放上去，会出现如C00024Acetyl-CoA，C代表compound，00024是这种化合物在KEGG中的编号。

②species-specific pathway，绿色小框为该物种特有的基因或酶，只有这些绿色的框有更详细的信息。KEGG中名字为特定物种种属英文缩写，比如酵母的糖酵解通路图，sce00010。

2.2查询代谢通路

输入想要查找的通路，例如map00061或查询某一化合物的相关通路，例如Hexadecanoic acid棕榈酸的相关通路，点击GO。

显示棕榈酸相关的所有代谢通路图，点击通路图编码或右侧图即可查看该通路图详细信息。

由上图可看出棕榈酸下游代谢产物有棕榈酰辅酶a、β-酮硬脂酰辅酶a、左棕榈酰肉碱等。

也可通过KEGG COMPOUND模块查找化合物详细信息，其中包括相关通路。

在搜索框中输入化合物名称，例如Hexadecanoic acid棕榈酸，点击GO即可显示搜索结果。

选择正确的化合物编码并点击进去，即可显示该化合物的详细信息。

3.绘图平台

登入链接：https://www.kegg.jp/

KEGG，Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，京都基因和基因组百科全书，是系统分析基因功能、基因组信息数据库，KEGG也能提供整合的代谢途径查询功能，包括碳水化合物、核苷、氨基酸等的代谢及有机物的生物降解，不仅提供了所有可能的代谢途径，而且对催化各步反应的酶进行了全面的注释，包括氨基酸序列、PDB库的链接等等。