精工致善丨代谢通路分析

代谢通路分析的意义？

代谢通路分析技术将代谢组学数据分析结果与生物学知识相结合，将代谢物变化信息放入具有生物学意义的代谢通路上，从KEGG庞大的代谢通路数据库中找到最应该被关注的几条差异代谢通路，为后续研究项目的深入开发及生物学意义的阐述指明方向。

如何进行代谢通路分析？

1.进入在线分析软件

2.上传数据

选择离散类型，化合物名称，行中的样本，上传要分析的数据，点击提交。

2.1准备数据文件

①有样本名和样本分组信息，文件格式需为制表符分割的TXT文件或逗号分割的CSV文件。

②靶标中不能有希腊字母α、β等，用alpha、beta等替换。

示例：

 

2.2检查数据格式

 

①检查数据格式，是否有非数值数据、缺失值或其它特殊字符和标点符号，默认将缺失值及零值替换为其对应变量的最小正值的1/5。

 

②对于标黄化合物名称，应先单击“ View”进行近似搜索，然后手动选择正确的匹配项，点击三个数据库中下方代码即可显示该数据库下相应化合物的详细信息，点击继续。

3.数据处理

 

3.1参数设置

可视化方法选择散点图，富集方法选择全局测试，拓扑分析选择中介中心性，参考代谢组选择使用所选路径库中的所有化合物，人类KEEG数据库，点击继续。

3.2结果下载

点击下载即可下载所需要的结果。

4.图形解读

上图为气泡图根据通路富集分析中的p值和通路拓扑分析中的通路影响值显示了所有匹配的通路，将鼠标置于每个路径节点上将显示其路径名称，单击节点将在右侧面板上显示对应通路图，纵坐标-LOG(P)值由通路富集分析得出，-LOG(p)值越大颜色越红（p值越小）横坐标Pathway Impact值由通路拓扑分析得出，Pathway Impact值越大气泡越大。-LOG(p)越大差异越明显，Pathway Impact值越大代谢物在通路中作用越大，故处于右上角的通路最具有研究意义。

通路图，把鼠标置于每个代谢物节点上将显示其通用名称，单击该节点将显示所选化合物的箱型图，显示该物质的名称、Importance和DB Links等信息。

途径中颜色：浅蓝色表示这些代谢物不在数据中，用作富集分析的背景，其他颜色（从黄色到红色）表示代谢物在数据中具有不同的显著性水平。

5.绘图平台

登入链接：https://www.metaboanalyst.ca/

MetaboAnalyst是一个代谢组学数据分析的综合平台。当前的MetaboAnalyst (V5.0)支持原始MS光谱处理、综合数据归一化、统计分析、功能分析、荟萃分析以及与其他组学数据的综合分析。